Podľa Svetovej zdravotníckej organizácie sú baktérie salmonely jednou z najbežnejších príčin ochorenia súvisiaceho s potravinami na celom svete. V Spojených štátoch má 1,4 milióna infekcií za následok viac ako 150 000 návštev lekárov, 15 000 hospitalizácií a 500 úmrtí každý rok. Hoci otravy salmonelou zvyčajne spôsobujú miernu, samo-obmedzenú gastroenteritídu ("salmonelózu"), v niektorých prípadoch môžu mať za následok dlhodobé účinky.
Metastatické infekcie
V zriedkavých prípadoch uniká salmonela do čreva, aby vstúpila do krvného obehu. Infekcia krvného obehu môže byť sama osebe fatálna a môže spôsobiť dlhodobé komplikácie, keď sa salmonely šíria (metastázujú) z krvného obehu, aby infikovali iné oblasti tela. Medzi príklady metastatických infekcií salmonel patrí infekcia srdcových chlopní a výstelky srdca (endokarditída), kosť (osteomyelitída), obličky (pyelonefritída) a iné mäkké tkanivá vrátane mozgu. Tieto infekcie sú typicky pomaly rastúce a trvajú oveľa dlhšie, než sa objavujú 12 až 72 hodín spojených s klasickou salmonelovou gastroenteritídou. Vyskytujú sa u zdravých dospelých zriedkavo a sú oveľa častejšie u ľudí s narušeným imunitným systémom (ako sú AIDS, rakovina, anemia srpkovitých buniek) alebo viacerými zdravotnými problémami.
Autoimunitné ochorenie
Po expozícii salmonely imunitný systém vytvára protilátky proti baktériám. Bohužiaľ, baktérie salmonely sa podobajú značke povrchu buniek prítomnej u mnohých ľudí. Výsledkom je autoimunitná choroba spôsobujúca Reiterov syndróm, ktorý spôsobuje chronickú bolesť kĺbov (artritídu), podráždenie očí (konjunktivitída s iritídou alebo bez nej) a problémy s močením (uretritídou). V štúdii z roku 2001, ktorá bola prezentovaná v časopise Clinics in Infectious Disease, takmer tretina ľudí, ktorí boli infikovaní salmonelou Dnteridis, jedným z najbežnejších druhov salmonely, vyvinula artritídu, ktorá pretrvávala až 6 mesiacov a takmer 50 percent hlásilo opakovanie po vyriešení počiatočnej epizódy.
Chronické nosiče
V niektorých prípadoch sa jedinci zotavia z infekcie salmonelou, aby sa stali chronickými nosičmi. Najznámejším príkladom ľudského chronického nosiča salmonely je "Týľovitá Mária". J. W. Kniha Leavittov z roku 1996 "Týčik Mária: V zajatí verejnosti" opisuje skutočný príbeh asymptomatického írsky-amerického kuchára spojeného s 54 prípadmi a štyri úmrtia v deviatich rôznych epidémiách týfusu na začiatku 20. storočia v New Yorku.
V súčasnosti môžu byť chronické nosné stavy zvyčajne eradikované rozšíreným priebehom antibiotík, hoci jednotlivci môžu podliehať obmedzeniam typu práce, ktorú môžu v súčasnosti vykonávať. Väčšina chronických nosičov je asymptomatická. Avšak pacienti s AIDS a inými typmi imunitného kompromisu môžu trpieť opakovanými záchvaty recidívy skôr, ako budú antibiotiká účinné.